小美是一个年幼的女孩,她与父亲秀力.史诺顿博士住在一处名叫“绿色原野”的地方,这是一片可以使人心境安宁的大草原。某天,秀力博士因为发现未知图腾的木刻板而失踪,留下小美孤单一人生活在大宅内。由助手帮忙带回的木刻板上记载了许多类似英文字母的图腾(未知图腾苏醒前),感到无限孤独的小美便顺手排出了如右图的文字:爸爸、妈妈、我(PAPA、MAMA、ME)。
而不知名的神奇宝贝“未知图腾”就因此来到这世界上。由于“未知图腾”的力量,小美所居住的大房子渐渐被结晶所包围而形成了结晶塔。“未知图腾”为小美建造结晶塔,是为了帮助小美忘却父母不见后的孤寂,但却加深小美深陷在完美的幻象世界里,渐渐的她的心逐渐化为结晶,整座塔也被水晶所覆盖。
接着,结晶继续向外扩散,开始吞噬一切。而因为小美想要妈妈,在塔中化身为她爸爸的炎帝,便将小智的妈妈抓进结晶塔充当小美的妈妈,使得小智无法置身事外。小智必须设法解救妈妈和小美,摆脱结晶塔神秘力量的控制。但是小美已经被扭曲的幻象迷惑,认定谁都不能抢走她的幸福,而厚重的心防则带来小智一行人重重难关!
《宠物小精灵:结晶塔的帝王》的别名有:结晶塔的帝王。